En la mayoría de ecosistemas en los que el ser humano interviene hay aspectos que pueden alterar su correcto equilibrio: sustancias nocivas, especies que se extinguen, alteraciones en la calidad del suelo y una largo etcétera de factores, la mayoría de ellos relacionados con la contaminación. Para que los distintos ecosistemas se mantengan dentro de unos parámetros de seguridad y no haya consecuencias negativas para la salud y la productividad, es necesario establecer sistemas de monitoreo ambiental.                    

  
La función de un plan de monitoreo ambiental es controlar, supervisar y analizar el impacto de cualquier elemento en un ecosistema determinado. Al decir cualquier elemento pueden ser pequeños invertebrados o sustancias contaminantes que interactúan negativamente en un medio ( terrestre, aire o en el medio acuático ). El establecimiento de estrategias o planes de monitoreo ambiental tiene efectos en el medio ambiente, pero también de tipo económico. Pensemos en un puerto con actividad comercial. La calidad del agua resulta clave en cualquier puerto, por lo que es preciso establecer mecanismos de control para garantizar unos niveles de calidad adecuados. Lo mismo sucede en un parque natural, en los que la relación entre el hombre, los animales y las plantas debeestar sometida sistemas que garanticen su estabilidad. 

La mayoría de proyectos de monitoreo ambiental se fundamentan en tres niveles. En primer lugar, la recogida de muestras ( en el agua, el aire o el suelo ). En segundo lugar, el análisis de las muestras en los laboratorios. Finalmente, los datos recogidos se introducen en modelos matemáticos ecosistémicos para conocer el impacto en un hábitat determinado. 

El monitoreo ambiental es un complejo mecanismo de intermediación Entre un sistema de producción (por ejemplo, la minería) y las consecuencias medioambientales derivadas del mismo. De lo que se trata es de mantener el equilibrio entre una actividad y el ambiente en que se desarrolla.